【Stage5——再生植物园】
Alia：“Zero，核反应燃料堆将周围的土壤腐蚀了，这样下去的话，植物园里的半机械化植物就都会枯萎的，尽快清除燃料堆吧，那么，拜托了。”（Mission Start）
（通过沼泽地带，进入中BOSS房间：VS 食虫草，
打败它之后继续前进，进入雨林地带）
Alia：“Zero，燃料堆好像就在这片区域了。”
（通过雨林地带，进入中BOSS房间）
Vava：“呼哈哈哈哈哈！Zero！我们又见面了呢！”
Zero：“Vava，快让开！”
Vava：“别这么急嘛，我们很快就能完成植物和土质的大改造。”
Zero：“用核反应堆吗？”
Vava：“Bingo！我绝对不会让你进入前面的房间，拿命来吧！Zero！”
（Warning）
（若被他打败）
Vava：“呼哈哈哈哈哈！你是阻止不了我们的！”
（打败他后）
Vava：“呃…你这家伙……还是那么固执……”（离开）
（打败Vava之后，往前就进入BOSS房间）
指令蜻蜓：“呃…Zero小心！”
Zero：“指令蜻蜓，这里就交给我了！”
指令蜻蜓：“好！”（离开）
Pan：“哎呀呀，又来了一个碍事的，等等！你不是那个大名鼎鼎的Zero？！”
Zero：“废话少说，立刻停止核反应堆！”
Pan：“这怎么可以，改造进程才刚进行到一半呢！那么，这样好了，让我‘土烈之Saturn’的Pan，把你做成半机械植物的肥料吧！”
（Warning）
（若被他打败）
Pan：“在改造完成之前，我绝对不会让你阻止核反应堆！”
（打败他后）
Pan：“呃…就算你……阻止了核反应堆……也不可能阻止得了……Abel教授……他要对……整个世界的大改造……早就……开始了……”（大爆炸）
（*轰隆隆隆隆*）
Zero：“Vava！”
Vava：“呼哈哈哈哈！Zero！核反应堆大爷我就不客气的收下了！呼哈哈哈哈哈！”（离开）
Alia：“Zero，Vava他把核反应堆带走了。”
Zero：“查到他的线路了吗？”
Alia：“抱歉，让他逃走了。”
Zero：“糟糕。”
Alia：“不过，那边的异常已经解除了，先回基地来吧。”
（Mission Complete）
【Zero 得到 Pan 的 盖亚冲（Gaiaoki）】
【X 得到 Pan 的 地震波（Earth Wave）】
（剧情）
【Irregular Hunter HQ：修复室】
Zero：“修复员，Axl现在情况如何？”
修复员：“看来，他所受的伤让他的数据出现了很不稳定的波动，看样子，他很有可能会异常化，但他的电子脑很顽强，抑制住了异常化。”
Zero：“那么，还能维持多久？”
修复员：“我们已经对他进行了休眠调整，而且，我们会尽力修复病毒对他的伤害。”
Zero：“那就好。”
X：“担心Axl吗？”
Zero：“嗯。”
X：“放心吧，Axl一定会没事的。”
Zero：“X，要是那时候被Lumine打中的人是我，不知道我能不能支持住……”
X：“别想那么多了，Zero永远是Zero。”
Zero：“嗯。”
【Genesis研究所：副所长室】
Noah：“Vava，你找来的核燃料堆，Abel教授很满意。”
Vava：“那么，这样的话，Abel教授就答应把我改造成最强的Repliloid吗？！”
Noah：“当然，不过你还得帮我们一个忙。”
Vava：“什么忙？”
Noah：“杀了Zero……”
Vava：“这个好办，只要我动动指头。”
Noah：“不，我的意思是说，让Zero彻底消失……因为他的DNA资料，具有抑制Genesis的作用，是我们最大的威胁。”
Vava：“了解！”（离开）
Dynamo：“Noah大人，这样一来，Sigma就永远也不会出现了吧。”
Noah：“但愿如此，Dynamo，潜入Irregular Hunter总部的工作就交给你了。一定要把Axl，安全地送到此地。”
Dynamo：“属下明白！”（离开）
Noah：“Zero……一定要阻止Abel教授的野心啊。”
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